I. PROTOZOA (Đơn bào)
1. Amebae (trong đường tiêu hóa)
Entamoeba histolytica
Entamoeba dispar
Entamoeba moshkovskii
Entamoeba hartmanni
Entamoeba coli
Entamoeba polecki
Endolimax nana
Iodamoeba bütschlii
Blastocystis hominis
2. Flagellates (trong đường tiêu hóa)
Giardia lamblia
Chilomastix mesnili
Dientamoeba fragilis
Pentatrichomonas hominis
Enteromonas hominis
Retortamonas intestinalis
3. Ciliates (trong đường tiêu hóa)
Balantidium coli
4. Coccidia, Microsporidia (trong đường tiêu hóa)
Cryptosporidium parvum
Cryptosporidium hominis
Cryptosporidium spp.
Cyclospora cayetanensis
Cystoisospora belli
Sarcocystis hominis
Sarcocystis suihominis
Sarcocystis “lindemanni”
Microsporidia
Enterocytozoon bieneusi
Encephalitozoon intestinalis
5. Apicomplexa, Flagellates (trong máu và trong mô)
Apicomplexa (Ký sinh trùng sốt rét và Babesia)
Plasmodium vivax
Plasmodium ovale
Plasmodium malariae
Plasmodium falciparum
Plasmodium knowlesi
Babesia spp.
Flagellates (Leishmaniae, Trypanosomes)
Old World Leishmania species
Leishmania (Leishmania) tropica
Leishmania (Leishmania) major
Leishmania (Leishmania) aethiopica
Leishmania (Leishmania) donovani
Leishmania (Leishmania) archibaldi
Leishmania (Leishmania) infantum
New World Leishmania species
Leishmania (Leishmania) mexicana
Leishmania (Leishmania) amazonensis
Leishmania (Leishmania) pifanoi
Leishmania (Leishmania) garnhami
Leishmania (Leishmania) venezuelensis
Leishmania (Leishmania) chagasi
Leishmania (Viannia) braziliensis
Leishmania (Viannia) colombiensis
Leishmania (Viannia) guyanensis
Leishmania (Viannia) lainsoni
Leishmania (Viannia) naiffi
Leishmania (Viannia) panamensis
Leishmania (Viannia) peruviana
Leishmania (Viannia) shawi
Old World Trypanosoma species
Trypanosoma brucei gambiense
Trypanosoma brucei rhodesiense
New World Trypanosoma species
Trypanosoma cruzi
Trypanosoma rangeli
6. Amebae, Flagellates (các vị trí khác trong cơ thể)
Amebae
Naegleria fowleri
Acanthamoeba spp.
Hartmanella spp.
Balamuthia mandrillaris
Sappinia diploidea
Entamoeba gingivalis
Flagellates
Trichomonas vaginalis
Trichomonas tenax
7. Apicomplexa, Microsporidia (các vị trí khác trong cơ thể)
Apicomplexa
Toxoplasma gondii
Microsporidia
Nosema ocularum
Pleistophora spp.
Pleistophora ronneafiei
Trachipleistophora hominis
Trachipleistophora anthropophthera
Anncaliia vesicularum
Anncaliia (Brachiola) algerae
Anncaliia (Brachiola) connori
Encephalitozoon cuniculi
Encephalitozoon intestinalis
Encephalitozoon hellem
Enterocytozoon bieneusi
Vittaforma corneae (Nosema corneum)
Microsporidium
II. NEMATODES (Giun tròn)
1. Đường tiêu hóa
Ascaris lumbricoides
Enterobius vermicularis
Ancylostoma duodenale
Necator americanus
Strongyloides stercoralis
Strongyloides fuelleborni
Trichostrongylus colubriformis
Trichostrongylus orientalis
Trichostrongylus spp.
Trichuris trichiura
Capillaria philippinensis
2. Trong mô
Trichinella spiralis
Trichinella spp. (T. britovi, T. murrelli, T. nativa, T. nelsoni, T. papuae, T. pseudospiralis, T. zimbabwensis)
Visceral larva migrans (Toxocara canis or Toxocara cati)
Ocular larva migrans (Toxocara canis or Toxocara cati)
Cutaneous larva migrans (Ancylostoma braziliense or Ancylostoma caninum)
Dracunculus medinensis
Angiostrongylus cantonensis
Angiostrongylus costaricensis
Gnathostoma spinigerum
Anisakis spp. (larvae from saltwater fish)
Phocanema spp. (larvae from saltwater fish)
Contracaecum spp. (larvae from saltwater fish)
Hysterothylacium
Porrocaecum spp.
Capillaria hepatica
Thelazia spp.
Ternidens diminutus
3. Trong máu và trong mô (giun chỉ)
Wuchereria bancrofti
Brugia malayi
Brugia timori
Loa loa
Onchocerca volvulus
Mansonella ozzardi
Mansonella streptocerca
Mansonella perstans
Dirofilaria immitis (thường thấy trên các thương tổn phổi; trên tim chó)
Dirofilaria spp. (D. tenuis, có thể tìm thấy trên các hạch nốt dưới da)
III. SÁN DÂY (Tapeworms)
1. Trong đường tiêu hóa
Diphyllobothrium latum
Diplogonoporus spp.
Dipylidium caninum
Hymenolepis nana
Hymenolepis diminuta
Taenia solium
Taenia saginata
2. Trong mô (dạng ấu trùng)
Taenia solium
Echinococcus granulosus
Echinococcus multilocularis
Echinococcus vogeli
Echinococcus oligarthrus
Multiceps multiceps
Spirometra mansonoides
Diphyllobothrium spp.
IV. SÁN LÁ (Flukes)
1. Trong đường tiêu hóa
Fasciolopsis buski
Echinostoma ilocanum
Echinochasmus perfoliatus
Heterophyes heterophyes
Metagonimus yokogawai
Gastrodiscoides hominis
Phaneropsolus bonnei
Prosthodendrium molenkempi
Spelotrema brevicaeca
Plagiochis spp.
Neodiplostomum seoulense
2. Trong gan/ phổi
Clonorchis (Opisthorchis) sinensis
Opisthorchis viverrini
Opisthorchis felineus
Dicrocoelium dendriticum
Fasciola hepatica
Fasciola gigantica
Paragonimus westermani
Paragonimus mexicanus
Paragonimus kellicotti
Paragonimus africanus
Paragonimus uterobilateralis
Paragonimus miyazakii
Paragonimus caliensis
3. Trong máu
Schistosoma mansoni
Schistosoma haematobium
Schistosoma japonicum
Schistosoma intercalatum
Schistosoma mekongi
Schistosoma malayi
Schistosoma mattheei
V. PENTASTOMIDS (giun ở lưỡi)
1. Trong mô (dạng ấu trùng)
Armillifer spp.
Linguatula serrata
Sebekia spp.
2. Trong vùng mũi hầu
Armillifer spp.
Linguatula serrata
VI. ACANTHOCEPHALANS (THORNY-HEADED WORMS)
1. Trong ruột
Macracanthorhynchus hirudinaceus
Moniliformis moniliformis
VII. ARTHROPODS
1. Lớp nhện (Arachnida)
Scorpions
Spiders (black widow, brown recluse)
Ticks (Dermacentor, Ixodes, Argas, Ornithodoros)
Mites (Sarcoptes)
2. Lớp nhuyễn thể (Crustacea)
Copepods (Cyclops)
Crayfish, lobsters, crabs
3. Pentastomida (Classification under review)
Tongue worms
4. Diplopoda
Millipedes
5. Chilopoda
Centipedes
6. Lớp công trùng Insecta
Phthiraptera: lice (Pediculus, Phthirus)
Blatteria: cockroaches
Hemiptera: true bugs (Triatoma)
Coleoptera: beetles
Hymenoptera: bees, wasps, etc.
Lepidoptera: butterflies, caterpillars, moths, etc.
Diptera: flies, mosquitoes, gnats, midges (Phlebotomus, Aedes, Anopheles, Glossina, Simulium, etc.)
Siphonaptera: fleas (Pulex, Xenopsylla, etc.)
Entamoeba histolytica được xem như một loài gây bệnh thật sự, trong khi đó loài E. dispar giờ đây được đưa vào danh sách loài không gây bệnh. Tuy nhiên, trừ phi các thể tư dưỡng chứa các hồng cầu (E. histolytica) được tìm thấy, hai vi sinh vật không thể phân biệt dựa trên hình thái học khi chỉ nhuộm tiêu bản thường quy với phương pháp nhuộm bình thường. Thử nghiệm miễn dịch với mẫu phân hiện đang áp dụng để phát hiện nhóm Entamoeba histolytica/ E. dispar hoặc để phân biệt giữa hai loài. E. moshkovskii không thể phân biệt với E. histolytica (không ăn hồng cầu) hoặc E. dispar.
Mặc dù một số cá nhân đã thay đổi chỉ định loài đối với giống Giardia đến G. intestinalis hay G. duodenalis, song chưa có sự đồng ý chung. Do đó, đối với danh sách trên, tên của Giardia lamblia sẽ được giữ lại. Sự chỉ ra này không phải là một giống thật sự, nhưng một “catch-all” đối với các vi sinh vật chưa bao giờf xác định đến giống và /hoặc mức độ loài. Tuy nhiên, giờ đây đã được liệt kê như một giống microsporidia gây nhiễm ở người.