Hợp tác Quốc tế là một trong những chức năng hoạt động cuả Viện, trong nhiều năm qua Viện đã hợp tác nghiên cứu khoa học về các lĩnh vực phòng chống sốt rét và các bệnh ký sinh trùng với các trường đại học, các cơ quan, các tổ chức chính phủ hoặc phi chính phủ như:
Tổ chức CARE International, Unicef, đơn vị 6 Hải quân Mỹ, Trường Đại học Tổng hợp Nayoga-Nhật Bản, Dự án PCSR Việt Nam-Australia (VAMCP), Dự án PCSR Việt Nam-EC (VMCP), Tổ chức Y tế Thế giới ( W.H.O), Ủy ban Y tế Việt Nam-Hà Lan (MCNV), ViệnY học Nhiệt đới - trường Đại học Trung Y dược Quảng Châu -Trung Quốc, Trường Đại Học Liverpool-Anh Quốc.