Dự án được thực hiện ở 11 đơn vị bao gồm 7 tỉnh (Lào Cai, Sơn La, Gia Lai, Kon Tum, Đăk Lăk, Lâm Đồng, Bình Phước) và 4 Viện nghiên cứu (Viện Sốt rét - KST - CT Trung Ương, Viện Sốt rét - KST - CT Quy Nhơn, Viện Sốt rét - KST - CT TP. Hồ Chí Minh và Viện Vệ sinh Dịch tễ Quân đội).
Dự án đã hỗ trợ nâng cao năng lực quản lý PCSR cho các cán bộ y tế ở Việt Nam và hoạt động giám sát, đào tạo nghiên cứu ở các lĩnh vực; đặc biệt là 75% kinh phí Dự án đã giúp trang thiết bị y tế và phương tiện hoạt động cho tất cả các tuyến (kể cả tuyến điều trị). Dự án còn đào tạo nâng cao ở các trình độ Thạc sĩ trong nước và ngoài nước; đào tạo ngắn hạn về kỹ thuật dịch tễ, ký sinh trùng, côn trùng ở nước ngoài cho các cán bộ chuyên khoa sốt rét tuyến tỉnh và tuyến trung ương. Kết quả đầu tư của Dự án góp phần tích cực trong việc thực hiện các mục tiêu Chương trình Quốc gia PCSR tại địa phương.