Ngày 12/11/2009 Thủ tướng Chính Phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ký Quyết định số 1874/QĐ-TTg Ban hành danh sách 73 đơn vị sự nghiệp trực thuộc Bộ Y tế, đồng thời sắp xếp, tổ chức lại một số đơn vị trực thuộc Bộ Y tế.
Quyết định của Thủ tướng Chính phủ căn cứ vào Luật Tổ chức Chính phủ ngày 25 tháng 12 năm 2001; Nghị định số 178/2007/NĐ-CP ngày 03 tháng 12 năm 2007 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ, cơ quan ngang Bộ; Nghị định số 188/2007/NĐ-CP ngày 27 tháng 12 năm 2007 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Y tế và đề nghị của Bộ trưởng Bộ Y tế.
Theo Quyết định này danh sách các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Bộ Y tế bao gồm 73 đơn vị (thay vì 82 đơn vị như trước đây) gồm: Bệnh viện Bạch Mai; Bệnh viện Chợ Rẫy; Bệnh viện Đa khoa Trung ương Huế; Bệnh viện Đa khoa Trung ương Thái Nguyên; Bệnh viện Đa khoa Trung ương Cần Thơ; Bệnh viện Đa khoa Trung ương Quảng Nam; Bệnh viện Việt Nam - Thuỵ ĐiểnUông Bí; Bệnh viện Hữu nghị Việt Nam - Cu BaĐồng Hới; Bệnh viện Hữu nghị Việt - Đức; Bệnh viện E; Bệnh viện Hữu nghị; Bệnh viện Thống nhất; Bệnh viện C Đà Nẵng; Bệnh viện K; Bệnh viện Nhi Trung ương; Bệnh viện Phụ - Sản Trung ương; Bệnh viện Mắt Trung ương; Bệnh viện Tai - Mũi - Họng Trung ương; Bệnh viện Nội tiết Trung ương; Bệnh viện Răng - Hàm - Mặt Trung ương Hà Nội; Bệnh viện Răng - Hàm - Mặt Trung ương thành phố Hồ Chí Minh; Bệnh viện 71 Trung ương; Bệnh viện 74 Trung ương; Bệnh viện Phổi Trung ương; Bệnh viện Tâm thần Trung ương 1; Bệnh viện Tâm thần Trung ương 2; Bệnh viện Phong - Da liễu Trung ương Quy Hoà; Bệnh viện Phong - Da liễu Trung ương Quỳnh Lập; Bệnh viện Điều dưỡng - Phục hồi chức năng Trung ương; Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương; Bệnh viện Da liễu Trung ương; Bệnh viện Lão khoa Trung ương; Bệnh viện Y học cổ truyền Trung ương; Bệnh viện Châm cứu Trung ương; Viện Huyết học - Truyền máu Trung ương; Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương; Viện Vệ sinh dịch tễ Tây Nguyên; Viện Pasteur Nha Trang; Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh; Viện Dinh dưỡng; Viện Y học biển; Viện Y học lao động và Vệ sinh môi trường; Viện Vệ sinh - Y tế công cộng thành phố Hồ Chí Minh; Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Trung ương; Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Quy Nhơn; Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng thành phố Hồ Chí Minh; Trường Đại học Y Hà Nội; Trường Đại học Dược Hà Nội; Đại học Y - Dược thành phố Hồ Chí Minh; Trường Đại học Y Thái Bình;. Trường Đại học Y Hải Phòng; Trường Đại học Y tế công cộng; Trường Đại học Y - Dược Cần Thơ; Trường Đại học Điều dưỡng Nam Định; Học viện Y - Dược học cổ truyền Việt Nam; Trường Đại học Kỹ thuật y tếHải Dương; Trường Cao đẳng Kỹ thuật y tế II; Trường Cao đẳng Dược Trung ương Hải Dương; Trường Cao đẳng nghề Kỹ thuật thiết bị y tế; Trung tâm Đào tạo, bồi dưỡng cán bộ Dân số - Y tế; Viện Kiểm nghiệm thuốc Trung ương; Viện Kiểm nghiệm thuốc thành phố Hồ Chí Minh; ViệnKiểm định Quốc gia Vắc xin và Sinh phẩm y tế; ViệnKiểm nghiệm an toàn vệ sinh thực phẩm Quốc gia; ViệnPháp y Quốc gia; Viện Trang thiết bị và Công trình y tế ; Viện Dược liệu; Viện Vắc xin và Sinh phẩm y tế; Trung tâm Nghiên cứu, sản xuất Vắc xin và Sinh phẩm y tế; Viện Giám định pháp y tâm thần Trung ương; Viện Giám định y khoa; Trung tâm Truyền thông - Giáo dục sức khoẻ Trung ương; Viện Công nghệ thông tin - Thư viện y học Trung ương;  |  | Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Quy Nhơn | Bệnh viện Bạch Mai |
|
 |
Bệnh viện Phong - Da liễu Trung ương Quy Hoà |