Theo Thông báo số 495/TB-BYT ngày 19/11/2012 của Bộ Y tế về ý kiến chỉ đạo của Thứ trưởng Nguyễn Thanh Long tại cuộc họp sửa đổi, bổ sung Điều lệ tổ chức và chức năng, nhiệm vụ của 3 Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng trực thuộc Bộ Y tế.
Ngày 14/11/2012 Thứ trưởng Nguyễn Thanh Long đã chủ trì cuộc họp sửa đổi, bổ sung Điều lệ tổ chức và chức năng, nhiệm vụ của 3 Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng với sự tham dự của Lãnh đạo 3 Viện, đại diện Lãnh đạo Cục Y tế dự phòng và Vụ Tổ chức cán bộ thuộc Bộ Y tế. Sau khi nghe các Viện trưởng của từng Viện báo cáo vè thực trạng chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức hiện có; cùng những đề xuất, kiến nghị về việc thay đổi tên gọi, điều chỉnh chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức và ý kiến phát biểu của đại diện Lãnh đạo Cục Y tế dự phòng, Vụ Tổ chức cán bô. PGS.TS. Nguyễn Thanh Long-Thứ trưởng Bộ Y tế đã có kết luận:
1. Lịch sử hình thành và phát triển của 3 Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng xuất phát từ nhiệm vụ phòng chống bệnh sốt rét, đến nay bệnh sốt rét đã thuyên giảm ở miền Bắc và miền Nam, chỉ còn nhiều ở khu vực miền Trung-Tây Nguyên. Chức năng nhiệm vụ của Viện phải xác định công tác nghiên cứu là trọng tâm bên cạnh nhiệm vụ chỉ đạo tuyến và đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ. Nhà nước đảm bảo kinh phí cho hoạt động của lĩnh vực y tế dự phòng; do vậy việc sửa đổi, bổ sung quy định chức năng nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của 3 Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng phải luôn bám sát nhiệm vụ cơ bản của cơ quan nghiên cứu khoa học chuyên ngành.
2. Về tên gọi nên giữ tên gọi theo chức năng, nhiệm vụ chính là Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng. Đối với Viện tại Hà Nội giữ nguyên là Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Trung ương, đối với 2 Viện còn lại nên nghiên cứu thêm, có thể gọi là Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng miền Trung-Tây Nguyên và Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng miền Nam để được hiểu là Viện của Trung ương đặt tại khu vực, không gắn với tên địa phương đặt trụ sở để tránh hiểu lầm là Viện của địa phương.
3. Về chức năng, nhiệm vụ của các Viện cần tham khảo thêm phân loại bệnh truyền nhiễm theo nhóm, danh mục bệnh có côn trùng là véc tơ truyền bệnh để bổ sung thêm vào nhiệm vụ nghiên cứu của các Viện.
4. Đối với nhiệm vụ phòng và chống dịch sốt xuất huyết, các Viện bổ sung vào nhiệm vụ giám sát muỗi truyền bệnh.
5. Công tác khảo nghiệm hóa chất diệt côn trùng, các Viện phối hợp với Cục Quản lý môi trường y tế để khảo nghiệm chất lượng hóa chất gia dụng (khoảng 500 loại).
6. Về cơ cấu tổ chức các Viện nên giảm đầu mối, không bố trí nhiều khoa/phòng để tập trung nguồn nhân lực.
7. Vấn đề cung cấp dịch vụ khám chữa bệnh, các viện nên duy trì hoặc thành lập khoa khám chữa bệnh chuyên khoa trong phạm vi chuyên môn để kết hợp nhiệm vụ nghiên cứu khoa học, không nên tổ chức loại hình bệnh viện vì Viện thuộc lĩnh vực y tế dự phòng.
8. Công tác đào tạo như đối tượng, phạm vi, số lượng tuyển sinh đào tạo gắn với nhu cầu của ngành, chú trọng về chất lượng không đào tạo tràn lan.
9. Việc rà soát, sửa đổi, bổ sung chức năng nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của các Viện; Vụ Tổ chức cán bộ làm việc cụ thể với từng Viện để hướng dẫn soạn thảo Điều lệ mới phù hợp với tình hình hiện tại. Các Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng phối hợp với các Viện dịch tễ/Pasteur khu vực để cụ thể hóa danh mục các bệnh, nhóm bệnh làm đầu mối hoặc phối hợp để triển khai phòng chống dịch bệnh.
10. Đối với hệ thống các đơn vị tuyến tỉnh làm công tác phòng chống sốt rét, ký sinh trùng, côn trùng cần đưa ra khuyến nghị rà soát nhiệm vụ phòng chống sốt rét. Nếu nhiệm vụ ít thì nên sát nhập Trung tâm Phòng chống sốt rét vào Trung tâm Y tế dự phòng để giảm đầu mối, tránh tình trạng có nhiều tổ chức nhưng không có hiệu quả công việc.
Ngay sau khi có thông báo về kết luận của Thứ trưởng Bộ Y tế, Ban soạn thảo Điều lệ và chức năng nhiệm vụ của Viện Sốt rét-Ký sinh trùng-Côn trùng Quy Nhơn đã rà soát, sửa đổi, bổ sung các nội dung phù hợp với chỉ đạo của Bộ Y tế, thông qua các khoa/phòng thuộc Viện trước khi làm việc với Vụ Tổ chức cán bộ để thống nhất chức năng, nhiệm vụ và Điều lệ tổ chức & hoạt động của Viện trong giai đoạn mới.