Ngày 20/4/2010, Bộ trưởng Bộ Y tế đã có Quyết định số 1278/QĐ-BYT quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý môi trườngvà Quyết định số 1279/QĐ-BYTquy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Y tế dự phòng. Như vậy Cục y tế dự phòng & môi trường của Bộ Y tế được tách làm hai: Cục Y tế dự phòng và Cục Quản lý môi trường, các quyết định này chính thức có hiệu lực thi hành từ ngày 1/5/2010.
Theo Quyết định của Bộ trưởng, Cục Y tế dự phòng và Cục Quản lý môi trường là hai đơn vị độc lập có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng, có trụ sở làm việc tại Thủ đô Hà Nội; đồng thời có các quyết định bổ nhiệm mới hoặc điều chỉnh nhân sự lãnh đạo Cục để đảm bảo hiệu lực thi hành theo đúng thời gian quy định.
Cục Y tế dự phòng thuộc Bộ Y tế
Cục Y tế dự phòng là cục chuyên ngành thuộc Bộ Y tế, tham mưu giúp Bộ trưởng Bộ Y tế thực hiện chức năng quản lý nhà nước và tổ chức thực hiện các quy định của pháp luật, điều hành các hoạt động chuyên môn về lĩnh vực y tế dự phòng trong phạm vi cả nước bao gồm: phòng chống các bệnh truyền nhiễm, bệnh xã hội; phòng chống yếu tố nguy cơ của các bệnh không lây nhiễm tại cộng đồng; sức khỏe trường học; dinh dưỡng cộng đồng; kiểm dịch y tế biên giới; quản lý chất lượng dịch vụ y tế dự phòng; sử dụng vac xin, sinh phẩm y tế và an toàn sinh học trong hoạt động y tế.
Về tổ chức bộ máy của Cục Y tế dự phòng: Văn phòng Cục; Phòng Kế hoạch-tài chính; Phòng Truyền thông-chỉ đạo tuyến; Phòng Kiểm soát bệnh truyền nhiễm; Phòng Kiểm dịch y tế biên giới; Phòng Kiểm soát bệnh không lây nhiễm và sức khỏe trường học; Phòng Vác xin, sinh phẩm y tế và an toàn sinh học; đơn vị sự nghiệp trực thuộc Cục: Tạp chí sức khỏe và kiểm soát dịch bệnh.
Về nhân sự lãnh đạo Cục Y tế dự phòng: GS.TS. Trịnh Quân Huấn- Thứ trưởng Bộ Y tế kiêm Cục trưởng và 4 Phó Cục trưởng: TS. Nguyễn Văn Bình, PGS.TS. Vũ Sinh Nam, TS. Trần Thanh Dương và TS. Phan Trọng Lân; trong đó TS. Phan Trọng Lân-Phó Cục trưởng kiêm Thư ký Thứ trưởng Trịnh Quân Huấn.
Cục Quản lý môi trường thuộc Bộ Y tế
Cục Quản lý môi trường là tổ chức thuộc Bộ Y tế có chức năng tham mưu giúp Bộ trưởng Bộ Y tế tổ chức, triển khai thực hiện các nhiệm vụ của Bộ Y tế liên quan đến môi trường như bảo vệ môi trường đối với các cơ sở y tế, bảo vệ môi trường trong hoạt động mai táng; sức khỏe môi trường; vệ sinh và sức khỏe lao động, phòng chống bệnh nghề nghiệp và tai nạn thương tích, phòng chống các yếu tố ảnh hưởng sức khỏe do biến đổi khí hậu; quản lý hóa chất, chế phẩm diệt khuẩn, diệt côn trùng dùng trong gia dụng và y tế và các nhiệm vụ khác liên quan đến môi trường theo quy định của pháp luật.
Về tổ chức bộ máy của Cục Môi trường: Văn phòng Cục; Phòng Kế hoạch-tài chính; Phòng Môi trường cơ sở y tế; Phòng Sức khỏe môi trường cộng đồng; Phòng Sức khỏe môi trường lao động và tai nạn thương tích; Phòng Quản lý hóa chất và đánh giá tác động môi trường y tế; đơn vị sự nghiệp trực thuộc Cục: Trung tâm thông tin môi trường y tế.
Về nhân sự lãnh đạo Cục Môi trường: PGS.TS. Nguyễn Huy Nga-Cục trưởng và 3 Phó Cục trưởng: TS. Trần Đắc Phu, TS. Trần Ngọc Lan, TS. Nguyễn Thị Liên Hương.