Tổ chức y tế thế giới quan ngại sâu sắc về sự gia tăng các bệnh truyền nhiễm bên trong Syria và trong số các người dân Syria tỵ nạn ở các quốc gia láng giềng ở trong vùng, và cảnh báo rằng sự thiếu các biện pháp phòng ngừa và kiểm soát sẽ tạo ra nguy cơ bùng phát dịch bệnh.
Hơn hai năm qua, hệ thống y tế Syria đã bị tàn phá nghiêm trọng. Ít nhất 35% số bệnh viện công không hoạt động, và ở trong một số tỉnh có tới 70% nhân viên y tế bỏ việc dẫn đến một sự thiếu hụt nghiêm trọng về số lượng nhân viên y tế có chất lượng, làm hạn chế khả năng trong các dịch vụ chăm sóc sức khoẻ. Gần 4,25 triệu người dân Syria tỵ nạn quốc tế, họ đến định cư ở các nơi ít có bạo lực, mà những nơi này rất đông đúc và thiếu các điều kiện vệ sinh an toàn.Sự cung cấp nước sạch và điều kiện vệ sinh an toàn bị phá vỡ và có nhiều thách thức trong các chiến dịch chủng ngừa và các chương trình phòng chống vector. Bởi vì điều kiện y tế tồi tệ và thời tiết tiếp tục gia tăng điều này làm gia tăng nguy cơ bùng phát dịch bệnh. "Tất cả các yếu tố nguy cơ làm thúc đẩy sự lan truyền các bệnh truyền nhiễm xảy ra hiện hữu trong cuộc khủng hoảng ở Syria và các quốc gia láng giềng" Dr Jaouad Mahjour, Giám đốc khoa phòng chống bệnh truyền nhiễm - văn phòng của WHO ở Trung đông nói." Chúng tôi đang dự đoán một số nguy cơ y tế công cộng do các bệnh lây truyền qua nước, đặc biệt là viêm gan, thương hàn, tả và lỵ trực trùng. Bởi vì số lượng dân di chuyển lớn cả bên trong Syria và qua biên giới cùng với sự tàn phá các điều kiện môi trường thì dịch bệnh là có thể nhìn thấy".
Trong quý 1 của năm 2013, hệ thống cảnh báo dịch bệnh sớm của Syria, bao phủ tất cả 14 tỉnh của quốc gia, báo cáo một sự gia tăng có ý nghĩa của tiêu chảy mất nước cấp (172%) từ 243 ca trong tuần đầu của tháng 1/2013 tới 660 ca trong tuần thứ hai của tháng 5/2013;viêm gan A gia tăng 219% từ 48 ca đến 153 ca so với cùng kỳ .Gia tăng bệnh thương hàn cũng được báo cáo trong năm 2013. Các ca bệnh mới có thể ngăn ngừa bằng vaccin như là sởi cũng tái xuất hiện ở Syria do giảm độ bao phủ chủng ngừa ở tầm quốc giatừ 95% năm 2010 và được ước tính là 45% vào năm 2013. Trong quý đầu của năm 2013, số lượng các ca sởi được xác định bằng xét nghiệmở Syria đạt đến 139 ca , so sánh với hai năm 2010, 2011 là không có ca sởi nào, và 71 % các ca sởi này đã được biết là không chủng ngừa vaccin. Các chiến dịch chủng ngừa cho trẻ em dưới 5 tuổi đã bị cản trở do việc tiếp cận và vấn đề an ninh dẫn đến một số lượng lớn trẻ em không được chủng ngừa ở các vùng không thể tiếp cận. Kể từ năm 2012,WHO đã nhận được các báo cáo về sự gia tăng các ca Leishmaniasis ở Syria. Leishmaniasis là một bệnh do vector truyền và được lây lan tới người thông qua vết cắn của ruồi cát, và lưu hành cao ở một số vùng của Syria, chủ yếu ở Aleppo.Tuy nhiên do sự di chuyển của người dân mang tính quốc tế và điều kiện tiếp cận của bệnh nhân đến các dịch vụ y tế bị hạn chế nên một sự gia tăng các ca bệnh đã được báo cáo bởi WHO trong các người tỵ nạn quốc tế (IDPs) ở tỉnh Tartious, nơi mà trước đây bệnh không có . Các biện pháp phòng ngừa và kiểm soát, như là sự phân bố màn tẩm hoá chất chống muỗi, đang bị cản trở do sự dịch chuyển của người dân và thiếu các nhân viên y tế được huấn luyện, làm gia tăng nguy cơ bùng phát dịch bệnh.
Với việc hàng chục ngàn người Syria băng qua biên giới mỗi ngày, các bệnh nổi bật bên trong Syria đang lan truyền sang các quốc gia láng giềng. Sởi, Lao và Leishmaniasis đã được báo cáo trong số các người tỵ nạn ở Jordn, Libang, Iraq và Thỗ nhĩ Kỳ." Ba năm trước đây không có ca sởi nào ở Jordan và đang có kế hoạch tuyên bố loại trừ bệnh sởi. Tình hình sẽ trở nên tồi tệ nếu không có các biện pháp phòng ngừa và kiểm soát trên diện rộng sớm"Dr Mahjour nói. Các biện pháp phòng ngừa và kiếm soát mang tính chìa khoá bởi WHO và các đối tác nhằm đáp ứng với các đe doạ y tế công cộng do các bệnh nhiễm khuẩn bao gồm cung cấp nước sạch và điều kiện vệ sinh, tăng cường hệ thống cảnh báo sớm cho việc phát hiện bệnh, phân bố màn chống muỗi, cung cấp thuốc và vật tư y tế cùng với các chiến dịch chủng ngừa hàng loạt khẩn cấp cả ở bên trong Syria và các quốc gia láng giềng. Các kế hoạch hoạt động bổ sung với các đối tác y tế trong ba tháng kế tiếp bao gồm huấn luyện cho các nhân viên đáp ứng ở tuyến đầu, thuốc ở các vị trí tiền tiêu và vật tư y tế, và đảm bảo các phòng xét nghiệm có khả năng xác định bệnh nhiễm khuẩn, và thực hiện một chính sách ngăn chặn bệnh trong mùa hè.