1. Đào tạo và hợp tác đào tạo
Viện có chức năng đào tạo XNV trung cấp hệ chính quy (Công văn số 1237/BYT-QĐ ngày 29/10/1979 của Bộ y tế), từ khi mới thành lập đến nay đã đào tạo được 26 khoá.
Từ năm 2003, được sự cho phép của Bộ Giáo dục-Đào tạo và Bộ Y tế,Viện còn liên kết với Trường Đại học Y Hà Nội đào tạo Cao học chuyên ngành Ký sinh trùng (Công văn số 3343/SĐH, ngày 22 tháng 4 năm 2003 của Bộ Giáo dục và Đào tạo).
Từ năm 2005 Bộ Giáo dục-Đào tạo cho phép Viện đào tạo Trung học chuyên nghiệp không chính quy cho khu vực miền Trung -Tây Nguyên và Nam Bộ-Lâm Đồng (Công văn số 465/QĐ-BGD&ĐT-GDCN). Viện đã tiến hành tổ chức thi tuyển khoá đầu tiên với 41 học viên.
Thành quả đào tạo của Viện từ 1977 đến nay:
-Đào tạo mới 26 khoá kỹ thuật viên trung học với 700 học viên.
-Đào tạo lại chuyên khoa tại Viện 74 lớp với 1.819 học viên.
-Đào tạo lại 15 lớp cán bộ y tế với 961 học viên.
-Đào tạo 11 lớp xét nghiệm điểm kính hiển vi với 263 học viên.
-Đào tạo 4 lớp cho cán bộ Đội sốt rét lưu động với 120 học viên.
-Liên kết với Trường Đại học Y Hà Nội đào tạo 11 học viên cao học chuyên ngành Ký sinh trùng (2003-2005)
2. Các hợp tác nghiên cứu trong nước
Phối hợp với Viện sốt rét KST-CT Trung ương nghiên cứu phòng chống sốt rét cho dân di cư tự do, nghiên cứu các test chẩn đoán bệnh sốt rét (test chẩn đoán nhanh, AO, QBC…). Viện phối hợp với các địa phương trong khu vực tiến hành nhiều đề tài nghiên cứu có giá trị ứng dụng trong công tác phòng chống sốt rét.
Đã thực hiện 153 đề tài nghiên cứu khoa học phòng chống sốt rét và các bệnh ký sinh trùng, trong đó có:
-5 đề tài cấp Nhà nước
-35 đề tài cấp Bộ
-91 đề tài cấp cơ sở.
-22 đề tài hợp tác quốc tế
Hiện nay Viện đang tiến hành thực hiện 8 đề tài cấp Bộ, nhiều đề tài cấp cơ sở.
Tất cả các đề tài nghiệm thu đều được các Hội đồng đánh giá cao, đã đưa ra nhiều kết quả có tính ứng dụng thực tiễn trong công tác phòng chống sốt rét, các bệnh ký sinh trùng và côn trùng truyền bệnh ở khu vực MT-TN