Trong những năm qua nhờ có sự đầu tư của Đảng và Nhà nước, sự quan tâm chỉ đạo của UBND các cấp, công tác phòng chống bệnh sốt rét đã thu được nhiều kết quả đáng khích lệ: nhiều năm không có tử vong do sốt rét, dịch sốt rét không xảy ra trên địa bàn, bệnh nhân sốt rét được khống chế, tỷ lệ KSTSR/ 1000 dân vùng SRLH giảm (8,22 năm 2009 xuống còn 5,54 năm 2011).
Thành quả này là nhờ sự nỗ lực của đội ngũ cán bộ y tế trong toàn tỉnh, đặc biệt là những cán bộ làm công tác phòng chống sốt rét từ tỉnh đến cơ sở. Tuy nhiên, công tác phòng chống sốt rét ở Quảng trị cũng đối mặt với những thách thức trong thời gian đến. Tính đến nay, Quảng trị có 62 xã thuộc vùng sốt rét lưu hành ở các mức độ khác nhau, trong số đó có 47 xã thuộc vùng sốt rét lưu hành nặng và vừa theo phân vùng dịch tể của Dự án phòng chống sốt rét quốc gia với dân số chiếm khoảng 1/ 4 dân số chung của cả tỉnh. Phần lớn các xã nằm trong vùng lưu hành bệnh sốt rét là đồng bào dân tộc, vùng khó khăn về kinh tế, giao thông đi lại còn cách trở và những tập quán không có lợi cho sức khoẻ của người dân cần triển khai đồng bộ các giải pháp phòng chống sốt rét như phát hiện và điều trị sớm người mắc bệnh sốt rét tại thôn bản, xã; phòng chống vector truyền bệnh sốt rét bằng biện pháp tẩm màn và phun hoá chất tồn lưu trong nhà nơi có tỷ lệ người dân ngủ màn thấp (< 80%),các hoạt động truyền thông trực tiếp tại cộng đồng như thăm hộ gia đình, họp dân, tư vấn trực tiếp tại các cơ sở y tế, thảo luận nhóm. Ngoài ra Quảng trị có tỷ lệ KSTSR/1000 dân ở vùng sốt rét lưu hành ở mức cao của cả nước. Theo báo cáo của dự án phòng chống sốt rét quốc gia đến cuối năm 2011, Quảng trị còn 5,54 KSTSR/1000 dân vùng SRLH, chỉ đứng thứ 2 sau Ninh Thuận (6,20). Vì vậy, trong khi các tỉnh còn lại thực hiện chiến lược loại trừ và tiền loại trừ bệnh sốt rét trên phạm vi cả tỉnh giai đoạn 2011- 2020 và định hướng đến năm 2030 theo QĐ số 1920/QĐ-TTg ngày 27/10/2011 của Thủ tướng Chính phủ thì Quảng Trị cùng với Ninh Thuân, Quảng Nam là 3 tỉnh nằm trong giai đoạn phòng chống sốt rét tích cực. Theo báo cáo của ngành y tế trong 9 tháng đầu năm 2012 BNSR trong toàn tỉnh tăng 17,64% so với cùng kỳ năm 2011, tỷ lệ KST SR tăng 18,38%.Điều quan ngại là năm nay bệnh nhân sốt rét bắt đầu tăng từ cuối tháng 5, không chỉ tập trung tại các xã vùng Lìa có chung đường biên giới với huyện Nòng, Sepon (Savanakhet,Lào) mà một số nơi trước đây tình hình sốt rét rất ổn định,nhiều năm liền mức sốt rét rất thấp như xã Đakrông,Talong (huyện Đakrông) cũng gia tăng bệnh nhân sốt rét. Thêm vào đó,mạng lưới y tế cơ sở tuy đã được củng cố trong một thời gian dài nhưng chất lượng hoạt động chưa cao, đặc biệt là y tế thôn, bản ở vùng sâu, vùng xa. Công tác truyền thông giáo dục chưa được đẩy mạnh và đa dạng hóa các loại hình thích hợp. Diễn biến thời tiết thất thường cộng với môi trường thay đổi đã làm hồi phục các vector truyền bệnh sốt rét như An minimus, An. dirus vào nhà để đốt người trong khi biện pháp bảo vệ bằng màn tẩm và ngủ màn tại các vùng đồng bào dân tộc đạt tỷ lệ thấp. Qua điều tra 6 xã đầu năm 2012 của dự án PCSR Trung ương tại Hướng Hoá tỷ lệ ngũ màn của người dân sống trong vùng sốt rét <50%. Tại các xã vùng Lìa huyện Hướng Hoá trong 9 tháng đầu năm có gần 150 ca sốt rét dương tính là người Lào sang điều trị; các thôn ở phía Lào đối diện với xã Xy, Thanh (Hướng Hoá) có tỷ lệ KSTSR/lam cao: 78KSTSR/359 lam (21,73%),có nơi rất cao như thôn Katip (đối diện với thôn Xyraman của xã Xy) : 53KST/120 lam (44,2%). Hợp tác nghiên cứu phòng chống sốt rét ở vùng biên giới giữa 2 tỉnh Quảng Trị và Savanakhet đưa ra một số khuyến nghị như: phun tồn lưu ở các thôn phía Lào có tỷ lệ mắc sốt rét cao nhiều năm liền vẫn phụ thuộc vào chiến lược phòng chống sốt rét của Lào (chỉ phun tồn lưu khi có dịch sốt rét), giao lưu qua lại thăm thân và làm ăn buôn bán của người dân vùng biên giới diễn ra thường xuyên và có số lượng đông vượt quá tầm kiểm soát của ngành y tế. Điều này ảnh hưởng đến công tác phòng chống bệnh sốt rét ở khu vực biên giới giữa 2 tỉnh.
Giải quyết bài toán phòng chống sốt rét ở Quảng trị đòi hỏi cần có các giải pháp tích cực, không chỉ trước mắt mà cả lâu dài. Cần huy động và bổ sung nguồn lực cho phòng chống sốt rét (đội ngũ, kinh phí, vật tư), tập trung có trọng điểm vào các xã thường hay biến động như vùng Lìa (Hướng Hoá). Chú trọng phối hợp với các lực lượng trên địa bàn như Quân y biên phòng, phụ nữ, giáo dục trong truyền thông phòng chống sốt rét ở vùng sâu, vùng xa. Hợp tác với tỉnh Savanakhet (Lào) và các tổ chức quốc tế nghiên cứu chuyên sâu hơn về các yếu tố chuyên môn kỹ thuật và triển khai nghiên cứu ứng dụng các đề tài khoa học về phòng chống sốt rét, đặt công tác phòng chống sốt rét xuyên biên giới làm trọng tâm trong thời gian đến. Về lâu dài, phòng chống sốt rét cần phải được các cấp uỷ Đảng và chính quyền quan tâm chỉ đạo và đầu tư hơn nữa. Gắn công tác phòng chống bệnh sốt rét trong tổng thể phát triển kinh tế- xã hội tại địa phương. Để bệnh sốt rét trở thành bệnh thông thường, không gây ra ảnh hưởng lớn đến sức khoẻ của người dân và cộng đồng trong xã hội trong thời gian đến việc chung tay góp sức của mỗi cá nhân và các tổ chức, ban ngành trong cộng đồng là hết sức cần thiết.